Il Sequenziamento del Genoma Completo come risorsa a vita

Intervista condotta da Illumina iCommunity

Q: Qual è stata la motivazione alla base dell'avvio di Dante Labs?

Andrea Riposati (AR): Avevo un amico a New York che aveva difficoltà ad ottenere un test di Genoma Completo (WGS) per se stesso. Per chiedere aiuto, ho contattato un altro amico, Mattia Capulli, attivo negli studi di biotecnologia e genetica. Insieme, ci siamo resi conto che, sebbene le tecnologie genetiche fossero avanzate e ci fosse stata una significativa innovazione nella genomica, gli individui non erano ancora in grado di accedere facilmente ai test WGS. Insieme, abbiamo fondato Dante Labs con l'obiettivo di offrire i test WGS ai consumatori a livello internazionale.

Q: In che modo il tuo background ti ha aiutato a fondare e far crescere Dante Labs?

AR: Il Dottor Capulli è assistente alla cattedra di Biotecnologie presso l'Università dell'Aquila, dove ha gestito un laboratorio di genetica che studia le malattie rare. Si è concentrato sulla creazione del laboratorio, sull'infrastruttura del test, sulla pipeline di analisi e, soprattutto, sulla pipeline di reclutamento tecnico presso Dante Labs.

Ho lavorato presso Amazon e Muse Technologies, una società di piattaforme di analisi dei dati. La mia esperienza in Amazon ci ha permesso di trasformare rapidamente Dante Labs in un'azienda globale e di stabilire una rete logistica internazionale di successo per garantire che potessimo offrire alle persone che vivono a New York o a Roma la stessa qualità di servizio che offriamo alle persone che vivono nelle remote isole del Pacifico. Lavorare in Amazon e Muse mi ha anche aiutato a capire il valore dell'utente. Dante Labs è un'azienda incentrata sull'utente. Abbiamo in mente l'utente finale quando lanciamo nuovi prodotti e creiamo servizi.

Q: Cosa rende Dante Labs unica nel mercato dei test genomici di consumo, rispetto ad aziende come Ancestry o 23andMe?

AR: A differenza di altre aziende che eseguono analisi mirate degli array, siamo specializzati in un'offerta WGS in cui analizziamo il 100% del DNA di una persona. Crediamo che il WGS sia la metodologia di test genetici da utilizzare perché è la più completa. È anche la migliore tecnologia disponibile sul mercato e fornisce l'accesso agli ultimi sviluppi della scienza.

Il WGS è più costoso degli array e l'interpretazione dei dati più complessa. Grazie al sequenziamento di volumi elevati, siamo stati in grado di costruire il nostro centro di sequenziamento e di far funzionare il sistema NovaSeq 6000 ad alta capacità, riducendo il costo del sequenziamento. Abbiamo affrontato la complessità dell'interpretazione dei dati creando il nostro software per la generazione di report. I nostri report personalizzati combinano le informazioni sulla salute e sul benessere che gli utenti forniscono con i dati delle analisi genetiche. Il report può essere utile per loro. Nel processo, abbiamo reso il WGS più accessibile a tutti.

"Crediamo che il WGS sia la metodologia di test genetici da utilizzare perché è la più completa.
È anche la migliore tecnologia disponibile sul mercato e fornisce l'accesso
agli ultimi sviluppi della scienza".

— Andrea Riposati

Q: Perché considera i dati del WGS come un "bene per la vita"?

AR:Ad oggi, solo una piccola parte del genoma è stata studiata. Sappiamo poco o niente di grandi parti del genoma. Eppure, ogni mese, vengono sequenziati più genomi, vengono pubblicati nuovi studi e si rendono disponibili ulteriori risultati. Col tempo, i nostri clienti potranno scoprire di più sul loro DNA. Prima si analizza il DNA di una persona, prima avrà accesso a informazioni utili sul suo patrimonio genetico. Si tratta di informazioni che possono tradursi in intuizioni concrete su come qualcuno potrebbe cambiare il proprio stile di vita per sentirsi meglio, prevenire le malattie, evitare reazioni avverse al cibo o ai farmaci e adattare la propria attività fisica per una salute ottimale. Con l'identificazione di un maggior numero di varianti genetiche, possono ricevere aggiornamenti sul loro genoma per il resto della loro vita. Abbiamo appena introdotto un servizio di abbonamento in cui i clienti possono ricevere questi aggiornamenti su base mensile.

Q: Chi sono i clienti target di Dante Labs?

AR: I nostri clienti target sono persone che si concentrano sulla loro salute e sull'assistenza sanitaria preventiva. Generalmente vogliono che loro stessi e le loro famiglie, soprattutto i loro figli, abbiano accesso a strumenti che consentano un'assistenza sanitaria preventiva personalizzata. Conoscere il loro intero genoma dà loro le informazioni necessarie per vivere la loro vita e prendersi cura della loro salute in modo personalizzato.

Q: E le vostre offerte che si rivolgono a quei clienti interessati al benessere e alla salute preventiva?

AR: Ci sono due tipi di persone nel mondo per quanto riguarda il loro modo di vedere l'assistenza sanitaria. In primo luogo, ci sono quelli che quando si ammalano, vanno dal medico o in farmacia a prendere un farmaco e si sentono meglio. Questo gruppo aspetta fino a quando non si ammala prima di agire sulla sua salute.
La seconda categoria comprende le persone che si concentrano sull'assistenza sanitaria preventiva in modo da poter intervenire prima di ammalarsi. Per esempio, abbiamo un cliente che ha scoperto di essere predisposto all'emocromatosi, quindi ora ha ridotto la quantità di ferro nella sua dieta per ridurre le possibilità di contrarre questa malattia. Invece di preoccuparsi del problema di salute di cui tutti parlano, si è concentrato sulla condizione per lui più rilevante.
Alle persone piace anche conoscere la loro potenziale reazione ai farmaci. Alcuni farmaci funzionano meglio o peggio in persone diverse, e spesso la ragione è genetica. Sfruttando le informazioni farmacogenomiche, le persone e i loro medici possono capire quale sia la dose migliore per determinati farmaci, o quali farmaci vogliano evitare completamente.

Q: Come vi introducete ai vostri clienti?

AR: Utilizziamo la pubblicità digitale e il passaparola per comunicare i vantaggi di Dante Labs. Oggi siamo in circa 90 paesi, comprese alcune remote isole del Pacifico. Alcuni dei nostri clienti ci scoprono attraverso i loro amici e altri attraverso la pubblicità mirata online, come Google. Offriamo la spedizione gratuita a tutti, quindi chi si trova in mezzo all'oceano non paga più di chi vive a 500 metri dal nostro laboratorio.

Q: Quali tipi di test offrite?

AR: Offriamo test basati su WGS a diverse coperture, passando da un 5× al nostro popolare prodotto MyFullDNA con copertura 30×. Da lì, le persone possono decidere di aggiornare per ulteriori analisi, come WholeGenomeZ che include il WGS e l'analisi approfondita dell'esoma con copertura 130×. La varietà di test consente a persone con esigenze diverse di accedere a diversi tipi di copertura. Inoltre, le persone possono iniziare con un semplice test WGS e ricevere inizialmente dei report sul benessere. Poi, in qualsiasi momento, possono aggiornare le loro analisi senza doverci inviare un altro campione.

Q: Quali sono le diverse varianti o marcatori che i vostri test valutano?

AR: Ad oggi eseguiamo WGS e WES per identificare polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs), grandi varianti strutturali (SVs) e variazioni di numero di copie (CNVs). In futuro, ci occuperemo di eseguire lo screening del vettore e di sviluppare test per le predisposizioni per le varianti omozigote ed eterozigote e i biomarcatori farmacogenomici.

Q: Perché avete scelto Illumina e il sistema NovaSeq 6000?

AR: Illumina ha gli stessi valori aziendali che abbiamo noi. Entrambe le aziende credono nel potere dell'intero genoma di migliorare la salute umana. Crediamo che i sistemi Illumina NGS abbiano la migliore accuratezza, precisione, standardizzazione e riproducibilità dei risultati.

Il sistema NovaSeq 6000 è una tecnologia più scalabile di qualsiasi altra tecnologia disponibile, ancora più scalabile delle precedenti macchine Illumina. Ad esempio, la maggior parte dei laboratori offre un tempo di risposta di otto settimane. Alcuni laboratori offrono un tempo di risposta di sei settimane. Il sistema NovaSeq 6000 ci permette di offrire risultati in due settimane e stiamo per iniziare a offrire un tempo di risposta di una settimana. Il sistema ci ha permesso di crescere rapidamente e di offrire servizi di turnaround time premium, analizzando sia il WGS che il WES in modo flessibile e dinamico.

Il supporto tecnico di Illumina è stato sorprendente, permettendoci di iniziare a utilizzare il sistema NovaSeq 6000 da subito. Il team ci ha aiutato a stabilire la nostra pipeline bioinformatica e a creare il nostro nuovo centro di sequenziamento.

Q: Quale pipeline di software utilizzate per analizzare i vostri dati?

AR: Abbiamo un software proprietario scalabile, costruito su Amazon Web Services (AWS). Utilizziamo la piattaforma Bio-IT DRAGEN™ per generare e analizzare i nostri file VCF e utilizziamo il nostro software per creare e consegnare rapidamente i report ai nostri utenti.

Abbiamo iniziato a introdurre i report in diverse lingue, tra cui inglese, italiano e tedesco, con altre lingue a venire. Questi report vengono creati automaticamente e dinamicamente dal nostro software in modo che le persone in diversi Paesi possano comprendere i nostri report nella loro lingua madre.

Q: Come vi assicurate che i risultati forniti siano accurati?

AR: Abbiamo testato l'hardware e il software secondo gli standard dell'Organizzazione Internazionale di Standardizzazione (ISO) per assicurarci che i risultati abbiano un alto grado di riproducibilità. Ci assicuriamo di seguire le migliori linee guida in termini di qualità che possiamo dare ai nostri utenti.

Q: Un cliente può specificare quali informazioni desidera ricevere sui suoi report?

AR: Sì, le persone possono scegliere di non ricevere determinate informazioni, come ad esempio i risultati relativi a condizioni per le quali non esiste attualmente una cura. Alcune persone sono interessate ai test WGS per condizioni specifiche, come il diabete, ma potrebbero non voler sapere se hanno una predisposizione per il morbo di Alzheimer o il morbo di Parkinson. Facciamo loro sapere che queste informazioni sono sempre disponibili se cambiano idea in futuro.

A coloro che sono interessati a tutte le scoperte, forniamo guide per aiutarli a comprendere i limiti della genetica e della tecnologia. Vogliamo essere sicuri che i nostri clienti capiscano che se hanno una predisposizione a una certa condizione non significa che domani gli sarà necessariamente diagnosticata. Lo stile di vita può avere un ruolo nell'insorgenza e nella progressione di alcune malattie. Incoraggiamo anche i nostri clienti a rivedere i risultati con il loro medico.

Q: Come memorizzate i dati dei vostri clienti e proteggete la loro privacy?

AR: Tutti i nostri dati sono criptati e memorizzati seguendo le migliori pratiche e le linee guida degli Stati Uniti e dell'Europa. Oltre a quanto richiesto dalla legge, abbiamo introdotto misure di sicurezza che forniscono un ulteriore livello di privacy per i nostri utenti. Ad esempio, identifichiamo i rapporti solo con un numero di kit, mai con il nome di un cliente. In questo modo, se un cliente stampa un rapporto e lo lascia nello studio di un medico, il rapporto non può essere associato ad esso per nome. Se un cliente vuole recuperare i suoi dati online, si collega al nostro sito web con il suo numero di kit.

Q: Dante Labs sta conducendo alcune ricerche con dati che i clienti accettano di condividere. Di che tipo di studi si tratta?

AR: Stiamo conducendo studi di ricerca sulle malattie rare, attualmente malattie neurologiche come l'epilessia. Abbiamo scoperto che questo è un settore in cui il WGS potrebbe portare benefici significativi. In questi studi, le persone hanno acconsentito a che i loro dati venissero utilizzati in modo anonimo. L'obiettivo è quello di identificare varianti sconosciute e pubblicarle per aumentare le nostre conoscenze sulle malattie genetiche rare.

In futuro, vorremmo lavorare con le università per far crescere questa parte della nostra attività. Vorremmo espandere i nostri studi di ricerca in altre aree, come le malattie del tessuto connettivo. Idealmente, le università condurranno gli studi utilizzando i nostri dati e noi possiamo concentrarci sulla creazione di nuovi servizi per i nostri utenti finali.

Q: Quali sono i vostri piani per espandere la presenza di Dante Labs nel mercato della genomica diretta ai consumatori?

AR: I nostri piani sono di sviluppare e offrire più rapporti e strumenti per le persone in modo che possano ricevere maggiori benefici dai test WGS. Stiamo anche pianificando di investire di più nell'istruzione in modo che le persone siano consapevoli dei benefici del WGS e che la genomica possa diventare un'area di ricerca ben compresa. Ci piacerebbe anche vedere più persone che studiano la genomica a scuola.